Med udviklingen af moderne videnskab og teknologi gennemgik endoskoper en komplet transformation, der inkorporerer optiske fibre. I 1963 begyndte Japan at producere fiberoptiske endoskoper, og i 1964 blev en biopsianordning til fiberoptiske endoskoper med succes udviklet. Denne specielle biopsipincet giver mulighed for passende patologiske prøver med minimal risiko. I 1965 blev det fiberoptiske koloskop udviklet, hvilket udvidede omfanget af undersøgelser for lavere mave-tarmsygdomme. Forskning begyndte i 1967 på forstørrende fiberoptiske endoskoper til at observere små læsioner. Fiberoptiske endoskoper kan også bruges til in vivo laboratorietests, såsom måling af kropstemperatur, tryk, forskydning, spektral absorption og andre data.
I 1973 blev laserteknologien anvendt til endoskopisk behandling og blev efterhånden en af metoderne til endoskopisk behandling af gastrointestinal blødning. I 1981 blev endoskopisk ultralydsteknologi udviklet med succes. Denne nye udvikling, der kombinerer avanceret ultralydsteknologi med endoskopi, øgede i høj grad nøjagtigheden af læsionsdiagnosen.
I november 2002 blev verdens første "høj-endoskopsystem" født, hvilket dramatisk ændrede begrebet endoskopi. Den inkorporerer den mest avancerede-billedteknologi, der giver billedpræcision, der gør det muligt at diagnosticere ekstremt små læsioner. Fremkomsten af moderne videoendoskoper, elektroniske endoskoper og ultralydsendoskoper har indledt en ny æra af moderne medicinsk endoskopi, der bevæger sig fra æraen med undersøgelse og diagnose til æraen for behandling og kirurgi.
